Enligt en tradition, återberättad av bland andra Broocman på 1760-talet, ska kyrkan ha utvidgats till sin dubbla storlek under Johan III:s tid, närmare bestämt på 1580-talet. Kyrkan ska då ha utvidgats åt söder till sin dubbla bredd då man tog upp hål i den gamla ytterväggen som nu kom att stå mitt i kyrkan. Detta styrks bland annat av en beskrivning från 1768 som talar om stora pelare som förmörkade kyrkan. Detta, samt att kyrkan började bli trång och allmänt nedgången ledde fram till förslaget att bygga en ny kyrka.
En inskription ovan västporten talar om att byggnadsarbetena var avslutade 1783 men då kvarstod ännu mycket av utsmyckningen. Altartavlan av Pehr Hörberg och predikstolen tillkom 1796, det år då kyrkan slutligen återinvigdes. Den nya kyrkan i Rystad är ett gott exempel på den tidens kyrkobyggnadsideal. Ett stort, välbelyst kyrkorum som gav plats åt alla socknens invånare.
Orgelfasad av Tempelman
Altartavlan är, som redan nämnts, målad av Pehr Hörberg och föreställer korsnedtagningen. Altartavlans omfattning, samt predikstolen och orgelfasaden är levererad av bildhuggaren Beuerling från Norrköping. 1783 byggde orgelbyggaren Pehr Schiörlin en orgel för Rystads nya kyrka. Orgeln har en fasad ritad av arkitekten Olof Tempelman. Det nuvarande orgelverket är levererat 1970-71 av Troels Krohn. Fasaden med sina pipor är bevarad från den ursprungliga orgeln.
I kyrkans norrvägg finns en stor inmurad gravsten över landshövdingen Otto Helmer Mörner och hands hustru Maria von der Grünau. Denna låg tidigare i till medeltidskyrkans nordmur vidbyggt gravkor. Detta kor revs i samband med den nuvarande kyrkans byggande. Till detta gravkor hör även två begravningsvapen som hänger på kyrkans sydvägg.