Den första kyrkan byggdes på nuvarande platsen redan under medeltiden, förmodligen ungefär samtidigt som Habo kyrka. Fiskebäck var på medeltiden en egen socken med både prästgård och kyrkogård. Någon gång under medeltiden verkar Fiskebäcks socken ha uppgått i Habo socken och Fiskebäck nämns inte som enskild socken efter år 1540.
Enligt tradition lät en kvinna som råkat i sjönöd uppföra en kyrka på platsen där hon blev räddad, Fiskebäck. Denna kyrka brann dock ned 1623 men en ny byggdes upp på samma plats.
Från den medeltida Fiskebäcks kyrka finns en dopfunt från 1100-talet och ett altarskåp från 1400-talet bevarade på Skara museum respektive Historiska museet i Stockholm.
Fiskebäcks kapell flyttas till Gustav Adolf
Ett växande missnöje med kyrkans placering bland sockenborna från norr ledde dock till att den flyttades 15 km norrut till Gustav Adolf år 1780. Under lång tid fanns endast klockstapeln kvar på Fiskebäcks kyrkogård.
Fiskebäcks kapell i sin nuvarande form
År 1939 uppfördes kapellet i sin nuvarande form, dock var det då målat med en ljusare färg, vitt eller grönt. Det är oklart när det målades rött första gången.
Kapellet renoverades 1976 och fick efter tidens tycke och smak bruna fina heltäckningsmattor i hela kapellet utom under kyrkbänkarna. År 2003 utvidgades kyrkogården söderut med nya gravkvarter och 2005 invigdes minneslunden.
Fiskebäcks kapell används för kyrkliga handlingar
De senaste åren har Fiskebäcks kapell används i genomsnitt ett tjugotal gånger per år. Det är ungefär jämnt fördelat mellan dop, vigslar och begravningar. De återkommande gudstjänsterna under året är Emmausmässa under påsk, sommarmusik, minnesgudstjänst under allahelgona och julbön.