År 1951 genomfördes en stor förändring av församlingsgränserna i Göteborg med bakgrund av industrialiseringen och den stora inflyttningen till staden. Då bildades Härlanda församling ur delar av Örgryte församling och Göteborgs Gamelstadsförsamling. Redan vid starten bodde här ca 30.000 invånare.
En ny kyrklig rörelse växte samtidigt fram i Göteborg; ”Göteborgs småkyrkorörelse” som ville inspirera och medverka till att kyrkobyggnader uppfördes i de nya bostadsområdena. Tanken var att lokala kyrkostiftelser tog ansvar för finansiering, planering och genomförande av bygget, medan den centrala stiftelsen kunde ge stöd i sådant som kontakt med myndigheter och val av arkitekt. Begreppet ”småkyrka” syftade både på en kyrka som verkade inom en mindre del av församlingen, men också att den skulle bestå i en mindre byggnad, där dock både kyrkorum och verksamhetslokaler kunde rymmas.
På 50-talet påbörjades bebyggelse runt Härlanda tjärn som skulle växa och bli området Björkekärr. Eftersom området ännu saknade kyrkobyggnad blev det först en uppgift för distriktsprästen Håkan Starke att hitta tillfälliga gudstjänstlokaler. Det fanns redan en kärna med engagerade människor som ville fira gudstjänst och som ställde upp som frivilliga.
Första lokalen blev källarvåningen på Lådspikaregatan 24. Där kunde den första gudstjänsten firas den Helige Mikaels dag år 1955 – starten på Björkekärrs kyrkohistoria. I lokalerna hölls både gudstjänst och söndagsskola, men söndagsskola kom också att hållas på andra platser i området, i både skolsalar och hos engagerade som lånade ut sina hem. Medan prästen var heltidsanställd och musiker och vaktmästare var timanställda, drevs församlingsverksamheten nästan helt av frivilliga medarbetare och genom frivilliga gåvor.
År 1956 bildades en lokal småkyrkostiftelse och planen på att bygga en kyrka i Björkekärr startades. Genom donationer och gåvor fanns nu ett startkapital och till arkitekt för den nya kyrkan utsågs Johannes Olivegren. Den konstnärliga utsmyckningen uppdrogs åt glaskonstnären Ralph Bergholtz.
På senvåren 1958 stod Björkekärrs kyrka färdig i sin första etapp, med kyrkorum med vikvägg, grupprum och kök. Efter hand tog Göteborgs kyrkliga samfällighet ett större ekonomiskt ansvar för småkyrkorna i staden, vilket också Björkekärr fick ta del av. År 1973 fick kyrkan en tillbyggnad med församlingshem.
År 1992 delades Härlanda och Björkekärr blev nu en egen församling, men fortsatte att tillhöra Härlanda pastorat med gemensam administration. År 2000, i samband med relationsförändringen mellan Svenska kyrkan och staten fick Björkekärr möjlighet att bli ett eget pastorat med egen administration. Året efter gjordes därför ytterligare en tillbyggnad av kyrkan för att få plats för kontorsrum.
Den senaste organisatoriska förändringen av Björkekärrs församling skedde år 2018 då Göteborgs kyrkliga samfällighet upplöstes till nio pastorat. Idag ingår Björkekärr som en församling inom Örgryte pastorat, där även Härlanda, Sankt Pauli och Örgryte församlingar ingår. Den centrala administrationen med pastorsexpedition ligger idag i Örgryte församlingshem.