Knutby kyrka anses vara den mest storslagna kyrkan i trakten och kallas ibland för Roslagens katedral eller ”Nordens sixtinska kapell”. Den är en medeltida två-skeppig kyrka med ett korparti som är lika brett och högt som långhuset. Man har hittat rester av ett äldre golv under sakristian som tyder på att den ursprungliga kyrkan var en träkyrka. Under 1400-talet satte man upp brandsäkra tegelvalv över trävalvet i Knutby kyrka.
Vapenhuset och sakristian byggdes till under 1300-tal och 1400-tal.
Väggmålningarna är rika, man har upptäckt att det fanns två lager målningar. De äldsta målningarna visar stora gestalter, troligen profeter eller apostlar. Det yngre är från 1400-talets slut och skildrar med stor berättarglädje Jesu liv med gammaltestamentliga förebilder, omväxlande med helgonlegender och S:t Birgittas uppenbarelser. Dessa målningar är tydligt inspirerade av Albertus Pictor, men troligen inte utförda av honom själv. I vapenhuset föreställer målningarna djävulen, bl.a. är han avporträtterad delande ut smörjehorn till blåkullakäringar.
Altaruppsatsen består av en oljemålning och två allegoriska träfigurer – Tron och Hoppet – samt två naturalistiska palmer som symboliserar bön och arbete. Bildhuggaren som utfört detta arbete heter Lars Kingren. Oljemålningen Den korsfäste är en fri kopia av Mina Karlsson – Bredberg, efter en tavla av El Greco i Louvren. Konstnären har lagt in en lokal anknytning genom att avbilda prästgården och kyrkan med klockstapel.
Helgonskåpen på ömse sidor om altaret finns det skulpturer från 1500-tal. Jungfru Maria och S:t Martin av Tours, vilket den senare är Knutbys skyddspatron.
Det finns ett unikt triumfkrucifix från 1200-talet som hänger på väggen ovanför ingången till sakristia
Den sista saneringen av väggar och valv gjordes under 2017.
Bogårdsmuren runt kyrkan är unik och kommer från 1400-talet och är en vid sidan av Vendels bogårdsmur säkert en av de ståtligaste i Uppland. Den har fungerat som försvarsmur bl. a vid ”Slaget vid Knutby” året 1469. Det är bara söderut som den inte längre är kvar p.g.a. att kyrkogården byggts ut i den riktningen.
Klockstapeln uppfördes 1739 av bruksmästaren vid Hargs bruk,
Knutby kyrka ligger efter väg 282.
Knutby församlingshem kan hyras vid begravning, dop och vigsel. Där finnes ett smideskonstverk över ”Slaget vid Knutby” som gjorts av den lokale smeden Wilhelm Wallén.