Kyrkan ligger på en halvö i sjön på den äldsta dokumenterade kyrkplatsen i Norrland. I en akt från ett möte i Lödöse 1268 nämns kyrkan i Hafra (Haverö) som gränsmärke. Visserligen kan det ha funnits en kyrka på platsen tidigare, men att Haverö kyrka fanns uppförd tiden kring 1270 är säkert dokumenterat.
Under 1600-talets ofta återkommande gränstvister nämns kyrkan upprepade gånger som gränsmärke tillsammans med den stora stenen som ligger vid kyrkan (Hafra steen) I förkristen tid lär stenen ha använts som hednisk offerplats.
Beslutet att bygga en ny kyrka fattades av Haverö sockenmän redan år 1835, men det skulle ta många år fyllda av ekonomiska bekymmer och hårt arbete för bygdens folk innan den nya kyrkan stod uppförd år 1850. Delar av den gamla kyrkan ingår i den nuvarande sakristian.
Kyrkan ritades av Theodor Edberg år 1842 och hans förslag godkändes av Karl XIV Johan samma år. Invigningen av kyrkan dröjde till den 14 mars 1852.
Frans Mikael Franzén var biskop i Härnösand 1832 - 1847 och han visade stort intresse för den nya kyrkan i Haverö. Genom hans påverkan fick kyrkan sin ljusa interiör i vitt och guld och han satte också sin prägel på den konstnärliga utsmyckningen som utfördes efter mönster från Ulrika Eleonoras kyrka i Stockholm. Den stora altartavlan är en kopia av orginalet från Stockholmskyrkan som målats av professer Fredric Westin. Kopian i Haverö är signerad S Blombergsson. På tavlan i Haverö som föreställer Kristi uppståndelse är två av änglarna målade med biskopens erkänt vackra döttrar som modeller.
Träsniderierna i kyrkan utfördes under ledning av Johan Uhrus från Bollnäs och han lär också ha tillverkat två av ljuskronorna. Kristallkronan närmast altaret skänktes av Isak Lemoine i Vasnäs som ett tack till Försynen för att hans två barn som gått vilse i skogen under flera dygn kommit hem oskadda.
Den största klenoden i kyrkan är en guldskimrande träskulptur från medeltiden som föreställer ärkeängeln Mikael i strid mot draken. Det är troligen den äldsta bevarade Mikaelsbilden i Sverige och den är tillverkad i Köln omkring år 1200.
I ett fönster i sakristian finns ett rökelsekar från 1300-talet. En blå mässhake härstammar från 1400-talet och i ett särskilt museirum ovanför sakristian bevaras detaljer från den gamla kyrkan.
Dopfunten i marmor skänktes till kyrkan av dåvarande kyrkoherden P J Söderberg år 1923.
1736 installerades en altaruppsats tillverkad av Jonas Granberg i Klövsjö och den flyttades 1935 till sin nuvarande plats vid dopaltaret. Granberg tillverkade också två pyramider och ett altarskrank.
Vägbeskrivning:
Kyrkan ligger i Haverövallen. Vik av väg 315 och sväng vid avtagsväg mot Kyrksjön.