Orgeln har 27 stämmor. De är fördelade på två manualer och pedal. Registratur och traktur är helmekaniska. Verket är ursprungligen byggt av Åkerman och Lund. Det tillbyggdes 1974 av Frederiksborgs orgelbyggeri. Tillbyggnaden innebar även utbyte av den hårt förslitna mekaniken, nya luftlådor och nytt spelbord. De gamla bälgarna kunde dock behållas. Samtliga stämmor från den gamla Åkerman och Lundorgeln finns också kvar. De nytillkomna stämmoma kom, efter diverse turer, att komplettera det gamla verket på ett bra sätt. Detsamma kan med bästa vilja i världen inte sägas om spelbordet. Detta passar inte alls in i den nygotiska fasaden. Planeringen av orgelns inre är inte lyckad.
Orgelverket besiktigades redan den 4 dec. 1884 av stiftets kontrollant, ledamoten av Kungl. Musikaliska akademien J. Fr. Törnwall. Denne godkände och berömde orgeln för dess "goda material och goda intonation".
1928 fick organisten Karl Engkvist till stånd en ordentlig översyn av instrumentet. Arbetet utfördes av instrumentmakare A. O. Jönsson biträdd av orgeltrampare C. J. Kindström.
1930 inkom nytillträdde organisten Erik Nyström med en skrivelse till kyrkorådet. Nyström ville få en elektrisk fläkt inmonterad. Han motiverade sin önskan med att detta skulle bli billigare än att hålla orgeltrampare. Dennes lön var nämligen 279:-/år. Man skulle dessutom få jämnare "väder" (lufttryck). I samma skrivelse föreslog Nyström även en genomgripande omarbetning av orgeln. Bl. a. utbyte av manual och pedal till standardmått. Två ledande orgelfirmor i landet intresserade sig för Nyströms ideer. Den pneumatiska orgeln var på modet och man ville helst radikalt bygga om verket enligt den nya tidsandan. Inget av större värde hände emellertid de närmaste decennierna. Orgeln fungerade tack vare ett närmast bragdbetonat arbete av Nyström.
1951 tog den ny tillträdde kyrkoherden Eric Nilsson kraftfullt tag i orgelfrågan. På kyrkorådets uppdrag kontaktade han orgelbyggaren Nils Hammarberg. Denne upprättade ett förslag till genomgripande ombyggnad. Bl. a. föreslås att utöka orgeln med en manual, (ryggpositiv). I vad som händer den närmaste 10-årsperioden kan man spåra orgelrörelsens ideer, d.v.s. den riktning inom organist- och orgelbyggarkretsar som ställt upp barockorgeln som mönster och idealorgel. Åtvidsorgeln ansågs vara en exponent från den djupaste förfallstiden inom orgelbyggeriet.
1957 beslöt kyrkorådet att bygga! Hammarberg kontaktades på nytt. Frågan gällde nu närmast om det skulle bli två eller tre manualer. Men det hastade… En radikal förändring hade nämligen inträffat i församlingen i och med att den gamla medeltidskyrkan hade återuppstått. Röster i kyrkorådet började ifrågasätta det meningsfulla i att satsa stora pengar på en orgel i nya kyrkan då tyngdpunkten av gudstjänstlivoch förrättningar raskt gled över till den gamla kyrkan.
Så gick ytterligare några år utan att man kunde bestämma sig. 1964 föreslog Bröderna Moberg en konservering av orgeln. Man försökte entusiasmera kyrkorådet för tanken att Åtvid skulle få två stilhistoriskt riktiga orglar. Åtvid skulle bli ett orgelmecca! Det gällde nu för det hårt prövade kyrkorådet att hänga med i svängarna. Plötsligt har deras förkättrade gamla soporgel blivit en kulturklenod. Pendeln har svängt. Romantik är inte längre något fult. Men - orgeln går raskt mot ett stadium av yttersta förfall. Den nya organisten Bengt Lundbohm brottas med ideliga funktionsstörningar. Olika förslag till åtgärder avlöser varandra i tät följd. En rad kända organister och orgelbyggare undersöker och uttalar sig om orgeln. Förvirringen är närmast total. Slutet av 60-talet kännetecknas av en slags uppehållande verksamhet. Blickarna vändes mot gamla kyrkan och ideer om att där installera en kororgel. - "Det är ju den kyrkan som vi använder".
I början av 1970-talet hände plötsligt allt väldigt snabbt. Det var som om många års tryck på en gång exploderade. Nu skulle det bli av! Musikdirektör Anders Bondeman kallas som sakkunnig. I samråd med Riksantikvarieämbetet upprättas ett förslag om utbyggnad av orgeln. Huvudprincipen i detta förslag var, att på grundval av den gamla Åkerman och Lundorgeln, så pietetsfullt som möjligt utöka orgelns klangliga resurser. Anbud från svenska och danska orgelfirmor inflöt i riklig mängd. Slutligen gick uppdraget till den danska firman Frederiksborgs orgelbyggeri. 1974 stod orgeln klar och allt borde varit frid och fröjd. Men så blev alltså inte fallet. Kontrollanten Anders Bondeman hade reserverat sig på en del punkter. Organologen och Åtvidabergssonen Sten-Åke Carlsson spädde på med ytterligare kritik. Tillsammans med kyrkans organist, Ingemar Ericsson, utarbetade Sten-Åke Carlsson en arbetsbeskrivning, som Frederiksborgs orgelbyggeri i olika etapper under 70-talets sista hälft verkställde.
Orgeln är idag en stor tillgång i församlingens musikliv. Den klingar under kyrkoårets festliga söndagar och konserteras flitigt på under sommarmånaderna. Den har hittills visat sig funktionssäker.
Orgelns disposition:
Huvudverk Man. I Pedal
Borduna 16' Principal 8' Gamba 8' Subbas 16'
Flftte Harmonique 8' Qvinta 12'
Flftte Harmonique 4' Principal 8'*
Oktava 4'- Violoncell 8'
Oktava 2' Basun 16'
Cornet III Trumpet 4'*
Fourniture Harmonique V*
Trumpet 8'
Svällverk Man. Il Koppel och hjälpmedel
Unda Maris 8'
Violin 8' II/I
Rörflöjt 8' I/P
Basetthorn 8' II/P
Fugara 4'
Ekoflöjt 4' Tremulant
Piccolo 2'*
Cornet 111*
Fagott 16'* * ny stämma
Oboe 8'*
Euphone 8'