Denna kyrka är invigd till jungfru Maria, liksom många andra kyrkor från medeltiden. Närheten till Dalby, som tillsammans med Lund blev det första biskopssätet i Skåne, och genom att Dalby var en av de danska kungarnas centralorter under 1000-talet, gör Bonderups kyrka extra intressant.
Exakt när Bonderups kyrka byggdes vet man inte, men det har under senare år gjorts en murbruksanalys, och denna visar stora likheter med det murbruk som användes när Dalby kyrka byggdes med början runt 1060. Det är sannolikt att Bonderups kyrka byggdes ungefär samtidigt eller kort därefter som ett slags annex till Dalby, kanske för en storman i kungens följe. Man vet att Bonderups socken låg under Dalby kloster under medeltiden.
Ursprungligen bestod kyrkan av kor, långhus samt ett västverk. Kyrkan bör ha varit ca 20 meter lång, och ca 8 meter bred. Det är inte klarlagt hur västverket såg ut men undersökningar tyder på att det kan ha haft två torn med ett absidliknande mittparti.
Från början hade kyrkan antingen ett platt trätak eller så var det en öppen takstol. Man har funnit rester ovan valven av ett romanskt fönster med spår av bemålning. Detta innebär att taket befunnits högre upp än nu när valven skär bort en del av den ursprungliga takhöjden. Dessa valv slogs under 1420-talet då man också förlängde kyrkan västerut. I samband med valvslagningen ersattes takstolen till största delen.
En dendrokronologisk undersökning visar att träet i den nuvarande takstolen är från 1400-talets första hälft, men en del av virket i takstolen är utbytt också på 1720-talet. Ursprungligen hade kyrkan två portaler i långhuset, en i söder för männen och en i norr för kvinnorna. Dessa sattes igen i samband med att kyrkan byggdes om under 1100- eller 1200-talet.
Kyrkan har också haft en klockstapel. 1850 byggdes ett vapenhus och ett torn försett med trappstegsgavlar. Ritningarna upprättades av arkitekten Johan Fredrik Åbom. Påskafton 1916 slog blixten ned i tornet varvid tornet, vapenhuset och delar av långhuset förstördes. Tornet restaurerades efter ritningar av domkyrkoarkitekten Theodor Wåhlin och byggmästare Olaf Petersson utförde arbetet. Tornets utseende kom radikalt att förändras.
Bonderups kyrka renoverades 1918-1920 under ledning av ovan nämnde Theodor Wåhlin och han strävade efter att återskapa det medeltida utseendet av kyrkan. Även kyrkporten ritades av Wåhlin i ett slags medeltidsromantiskt utförande. I öster finns en ingång för prästen till en minimal sakristia. Denna dörr ritades 1957 av arkitekten Eiler Graebe, som vid samma tid var verksam vid Lunds domkyrka i samband med den stora restaureringen där.
På 1700-talet hade en altaruppsats av Johan Ullberg satts upp, men denna tog Wåhlin ner och ersatte den med den nuvarande 1920, utförd av Sven Lagerholm i Lunnarp. Altarringen är också den från 1920.
1763 tillverkade Johann Ullberg den predikstol som än idag finns i kyrkan. Skulpturerna symboliserar Kärlek, Tro och Hopp. Johan Ullberg var en mycket anlitad bildhuggare vid mitten av 1700-talet i Skåne. Han har även gjort altaruppsatsen i Dalby kyrka samt altaruppsatsen i Bosebo lyrla på Kulturen i Lund. Han finns representerad i flera andra skånska och småländska kyrkor.
Ovanför predikstolen ses en baldakin med en duva under densamma, vilket symboliserar den helige ande.
Dopfunten tillverkades av ljus sandsten av stenhuggare Erik Johansson i Dalby. Den ritades av konstnären Ivar Åhlenius-Björk, som hämtade motivet från ett trekantigt frö till en ärtväxt som han fann i sin trädgård.
Orgeln på läktaren byggdes av Mårtenssons orgelfabrik i Lund och är en s k pneumatisk orgel. Denna restaurerades 1950 av samma firma. Idag används inte denna orgel utan det har köpts in en digital orgel som finns nere i kyrkorummet.
Mitt emot tornet finns en liten byggnad uppfört i mitten av 1900-talet, med ett bårhus, personalutrymmen samt en toalett på baksidan av huset. Det finns två fönster till bårhusetförsedda med glasmålningar utförda av konstnären Gerhard Karlmark, som bodde i Bonderup.
Texten om Bonderups kyrka är skriven av Anita Larsson.