Kyrkan byggdes ursprungligen av Franciskanermunkar, som kom vandrandes genom Sverige. Gråbröderna, som de också kallades, bosatte sig i städer som de trodde kunde expandera och där det fanns gott om folk. De var läkekunniga, hjälpte de gamla och sjuka, och lärde även barnen att läsa. Att de kom till Arboga finns nedtecknat i Assisi i Italien. Enligt en äldre ofta anförd uppfattning skulle gråbröderna ha grundat sitt konvent i Arboga 1285.
Kyrkan stod färdig under 1300-talets början. Sedan har kyrkan byggts på och om under århundradena. Under reformationen drevs klosterbröderna iväg från Arboga, och kyrkan tillföll staden.
Många intressanta föremål finns att beskåda, förutom kyrkan i sig. Väggmålningarna på södra sidan är från 1400-talet och är troligen utförda av Magnus Håkansson. Varje valv har ett tema.
Ljuskronorna i mässing, som är bland de största i Sverige, är gåvor till kyrkan. Predikstolen i barockstil är huggen av hovbildhuggare Buchard Precht år 1737. Altartavlan är från 1600-talet. Man kan även se en dopfunt från 1400-talet och en från 1600-talet i kyrkan.
