Församlingarna som ingår i Enköpings pastorat har var sitt församlingsråd som fungerar som en styrelse. Det är pastoratets kyrkofullmäktige som utser församlingsråden.
Varje församling leds av en församlingsherde, som tillsammans med församlingsrådet ansvarar för den lokala verksamheten och gudstjänstlivet.
Församlingsråd finns i Boglösa, Enköping, Fjärdhundra, Sparrsätra-Bred, Tillinge och Södra Åsunda, Veckholm och Villberga församlingar.