Stiftelsen Stora Sköndal har bedrivit verksamhet i Sköndal sedan 1905. Svenska Diakonsällskapet hade bildats redan 1898 i Gävle med huvuduppgift att utbilda diakoner. I många år firade man gudstjänst i Diakonsällskapets huvudbyggnad, men man längtade efter en riktig kyrka. Bygget av Stora Sköndals kyrka påbörjades 1927 med Svenska Diakonsällskapet som byggherre. Arkitekt var Hakon Ahlberg, prästson från Halland. Kyrkan invigdes på Tacksägelsedagen år 1929.
Sedan 1993 ägs Stora Sköndals kyrka gemensamt av Stiftelsen Stora Sköndal och Svenska kyrkan, Farsta församling. Det tillbyggda församlingshemmet ägs av Svenska kyrkan, Farsta församling.
Stora Sköndals kyrka har slätputsade och avfärgade murar i vitt, sockel av svarta skifferplattor och brant tak klätt med tjärade träspån. Kyrkan har drag av en traditionell landsortskyrka med klassisk klockstapel.
Klockstapeln, som reser sig bredvid invigdes året därpå. Den är rödmålad med stående locklistpanel. Taket täcks av tjärade träspån och på toppen vänder sig smidestuppen efter vinden. Klockstapeln har två klockor.