Kyrkogården har en rektangulär planform i väst/östlig riktning med en utvidgad del i öster. Kyrkogården har en regelbunden form som vuxit fram kring den medeltida kyrkan och en utvidgning har skett österut.
Det har funnits en fristående klockstapel på kyrkogården, men den revs 1753 då kyrkan fick ett torn i väster uppfört av byggmästare Petter Frimodig från Linköping.
Gravtradtioner
På kyrkogården finns mer än 50 grusgravar med omgärdning. Tre gravhällar från 1600-talet och 1700-talet, sitter på den kraftiga strävpelaren på kyrkans södra sida. I Ekeby är
variationen på titlar stor, ovanligt få gravvårdar har titlarna lantbrukare eller hemmansägare. Flera titlar har anknytning till kyrkan och en del äldre gravvårdar har anknytning till Boxholms bruk, så som brukspatron, hammarsmedsmästare och hammarsmedsålderman.