Jonatan var en skicklig soldat och vann många segrar över filistéerna. En gång tog Saul ett högtidligt löfte av sina män att varken äta eller dricka förrän de dödat alla filistéer i en sammandrabbning. Jonatan, som inte kände till löftet, åt lite honung. När hans far fick höra detta befallde han att sonen skulle avrättas. Tack vare soldaternas protester undgick Jonatan döden.
När Sauls hat senare växte mot David blev han så ursinnig på Jonatan som var lojal mot David, att han tog sitt spjut och kastade det mot sonen som med knapp nöd undkom.
Jonatan stupade i det slag där också Saul dog. David lovade då att alltid sörja för att skydda och sörja för Jonatans barn.
Jonatan var son till Saul som var son till Kish som var son till Benjamin, en av Jakobs tolv sönder