På Svanshals kyrkas nuvarande plats låg ett tidigt trätempel, troligen byggd av heliga Birgittas morbror lagman Bengt Magnusson. Äldsta delarna är från 1100-talet. Från denna tid finns den gamla kalkstensgrunden bevarad, liksom delar av tornet.
I slutet av 1600-talet restaurerades kyrkan på initiativ av hovintendent Zackarias Renberg, ägare till Renstad. Vid denna restaurering fick kyrkan många värdefulla inventarier. Predikstolen skänktes 1688 av ägaren till Renstad. Även dopfunten, gjord av Michael Hacke, Skänninge, härstammar från samma århundrade.
Altartavlan, utförd av bildhuggaren Burchardt Precht. Ursprungligen utgjorde altartavlan underdelen till ett större verk som fanns i Stockholm slottskapell. Vid en brand 1697 räddades konstverket och fördes till Svanshals som en gåva av drottning Ulrika Eleonora. Hon skänkte även kyrkans nattvardskärl.
