Vid relationsändringen mellan staten och Svenska kyrkan år 2000 lades förvaltningsansvaret för det kyrkliga kulturarvet på Svenska kyrkan och dess församlingar och pastorat. Överenskommelsen innebär bland annat att staten ska ersätta den förvaltande parten med kyrkoantikvarisk ersättning (KAE) för kulturhistoriskt motiverade merkostnader. KAE är statens kompensation för det ansvar som Svenska kyrkan har tagit på sig genom bestämmelserna i kulturmiljölagen. Genom den kyrkoantikvariska ersättningen bidrar alla landets invånare till vården av det kyrkliga kulturarvet.
Ersättningen får tilldelas kulturhistoriskt motiverade kostnader för förvaltning av egendom som är skyddad enligt 4 kap kulturmiljölagen. Med skyddad egendom avses kyrkobyggnader, kyrkotomter och kyrkliga inventarier.
Den kyrkoantikvariska ersättningen utbetalas till Svenska kyrkans nationella nivå och fördelas av Kyrkostyrelsen till Svenska kyrkans 13 stift. Stiftsstyrelserna beslutar i sin tur om fördelning av kyrkoantikvarisk ersättning utifrån de ansökningar som församlingar och pastorat lämnar in.