Det var pastor Sigfrid von Scheele som startade sjömanskyrkan i Pireus och året var 1976. En starkt bidragande orsak var att man något år tidigare hade tvingats stänga kyrkan i Beirut på grund av inbördeskrig. Invigningen av av verksamheten ägde rum i september samma år av Biskop Olle Nivenius och i närvaro av representanter från ortodoxa kyrkan, nämnden för Svenska kyrkan i utlandet, Leksands kyrkokör och många fastboende.
Von Scheele åkte sedan vidare till Rhodos för att starta en kyrka även där. Här hade kyrkan uppdraget att under sommarsäsongen verka för de fastboende och turister. Verksamheten på Rhodos har nu avslutats sedan ett femtontal år sedan.
De ordinarie prästerna och kyrkoherdarna i Pireus/Aten är i tur och ordning: Börje Ring, Björn Rydberg, Göran Sagen, Lars Svärd, Åke Eriksson, Lars Frisk, Gunnar Lidén och Björn Kling som tillträdde augusti 2016 och som är den nuvarande kyrkoherden för Svenska kyrkan i Grekland.
Från början var verksamheten i Pireus väldigt mycket inriktad på att vara till för sjömän och senare lastbilschaufförer. Men redan från starten var man också inriktad på att vara en kyrka för alla nordbor. Detta markerades också i namnet Skandinaviska sjömanskyrkan, som sedan blev Skandinaviska kyrkan när tyngdpunkten förskjöts från sjömän till fastboende. Nu heter vi Svenska kyrkan i Grekland.
2010 flyttades verksamhetslokalerna från Pireus till Aten. Dagarna som sjömanskyrka var då sedan länge över. De nya lokalerna låg under några år i Plaka i centrala Aten, alldeles i närheten av Akropolis. 2024 flyttade vi till Apollonos 6, i närheten till Syntagma-torget. Idag är vi en utlandsförsamling som har till uppgift att finnas till för alla nordbor i Grekland, såväl i Aten som på övriga fastlandet och på öarna, för såväl fastboende, visstidsboende och turister och andra tillresta. Vi är glada för den inriktningen.
Svenska kyrkan i Grekland har ett nära samarbete med finska sjömansmissionen och framförallt med den anglikanska kyrkan i Grekland. St Paul's anglikanska kyrka på Fillelinon är den kyrka där vi firar de flesta av våra mässor och gudstjänster. Samtidigt använder den anglikanska kyrkan vårt församlingshem för sina gruppverksamheter på vardagarna. Den svenske kyrkoherden är formellt anställd av anglikanerna och vi har planer på ett ännu närmare samarbete med varandra.
2024 placerades en mobil präst i Aten. Komminister Henrik Selin har som uppgift att besöka verksamhetsorter i östra Medelhavet, Mellanöstern och Afrika. Hans stationeringsort är Aten och han har också till uppgift att till viss del finnas till hands för Svenska kyrkan i Greklands verksamheter och gudstjänster.