Habo kyrkofullmäktige är pastoratets högst beslutande organ för församlingarna i Habo, Gustav Adolfs och Brandstorp. De har det övergripande ansvaret för pastoratets mål och verksamhet. Fullmäktige bestämmer bland annat om budget, kyrkoavgift och andra större frågor. Fullmäktige har för närvarande 24 ordinarie ledamöter och 5 ersättare. Kyrkofullmäktige sammanträder cirka fem gånger per år. Kyrkofullmäktiges sammanträden är offentliga, och alla kyrkotillhöriga har rätt att vara med på sammanträden och också ställa frågor.
Under året är det verksamhetsplanen som man arbetar efter och den godkänns tillsammans med budgeten. Under mandatperioden är det församlingsinstruktionen som anger den övergripande inriktningen.