Orgel förekom i Sverige redan på medeltiden, men blev vanlig i våra kyrkor först på 1800-talet. Hammarö kyrka fick sin första orgel år 1860. Den köptes på auktion efter klockaren Melanoz i Östra Ämtevik.
År 1890 byttes orgeln ut till en ny, byggd av A.G. Pettersson från Älvsbacka. År 1926 fick kyrkan en ny orgel igen, byggd av Gebrüder Rieger. Orgeln byggdes om och utökades med tre stämmor år 1943.
Dagens orgel är byggd av A. Magnusson orgelbyggeri, Mölnlycke, år 1971. Orgeln har mekanisk traktur, 20 register och tremulant. Det finns också fria kombinationer.
