Dopfunten från 1200-talet står i kyrkans skyddspatron. Dessutom äger kyrkan ett flertal träskulpturer från 1400-talets slut och 1500-talets början. Däribland det triumfkrucifix, som står placerat mellan triumfbågens båda väggar. Det är från 1500-talets början och kan vara tillverkat i Haaken Gullesons verkstad. Kyrkan har även ett senmedeltida processionskrucifix och en senmedeltida mässhake i sin ägo.
De gotiska stjärnvalven i långhus och kor samt kryssvalvet i sakristian är byggda av tegel omkring 1500. Tegelvalven var inte bara dekorativa, de ökade även brandsäkerheten. Till kyrkans medeltida inventarier hör en av Nordens märkligaste kulturskatter, den rikt skulpterade Alnöfunten av trä.
Kyrkan är en av de äldsta i Västernorrland. Den är byggd i vitkalkad gråsten. Alnö kyrka är den enda kyrkan i Västernorrland som har kvar sin grundform, långhus med ett smalare rakt avslutat kor i öster. Det var en vanlig kyrkomodell i Skandinavien under främst 1200-talet och förekom ofta i södra och mellersta Norrland. Koret, daterat till 1280-talet, kan ha uppförts till en tidigare kyrka. Det var inte ovanligt att hela eller delar av en äldre mindre kyrka byggdes in i en större stenkyrka. Undersökningar av långhuset visar att det uppfördes på 1350-talet. Sakristian och det större vapenhuset byggdes till på 1400-talet.
Tack vare sitt goda läge blev Alnö tidigt befolkat. I byn Vi låg en hednisk offerplats redan på 400-talet. I Fröst hade guden Frö sin kultplats och i Hovid kan det också ha legat en kultplats. Kyrkplatsen med järnåldersgravar i dess närhet benämndes Gösta, gudsstad. Kristna kyrkor byggdes ibland på eller nära hedniska kultplatser. Traditionen berättar att tolv bönder påbörjade kyrkobygget. Kyrkan tillskrevs ärkeängeln Mikael.