Hackås kyrka var ett viktigt delmål för medeltidens pilgrimer. Härifrån var det åtta dagsleder kvar till Trondheim. Den 20 juli på Margaretadagen höll pilgrimerna Margaretamässa i kyrkan. Längs pilgrimsvägarna fanns det pilgrimskällor, vid vilka man kunde rasta och förrätta bön. I Hackås finns det en rekonstruerad källa, uppkallad efter Sankta Margareta.
Ovanför kyrkan finns resterna av en gammal pilgrimsväg. Den fortsatte till Olof den heliges grav i Nidaros, nuvarande Trondheim i Norge. En legend berättar att den heliga Birgitta på sin pilgrimsvandring till Nidaros paserade Hackås. Det bör har skett sommaren eller hösten 1339. Hon skall då ha tvättat sina kläder vid Storsjöns strand inte långt från kyrkan.
Stenkyrkan, uppförd under slutet av 1100-talet i romansk stil, är den enda bevarade absidkyrkan i norra Skandinavien. Kyrkan har även varit försedd med ett västtorn av sten. Det revs vid 1700-talets mitt. Absidkyrkor tillhör de äldsta typerna av kyrkor i landet. Koret med den halvrunda utbyggnaden, absiden, nuvarande sakristian, samt långhusets östra delar utgör kyrkans äldsta partier. Över absiden finns ett medeltida tunnvalv och ovanför det tidigare koret en bevarad takkonstruktion från 1100-talet, utformad efter samma principer som taken i de norska stavkyrkorna. Väggmålningarna i absiden är Norrlands äldsta bevarade kalkmålningar. De skildrar legenden om den heliga Margaretas martyrium. Målningarna som aldrig har varit överkalkade, har efter jämförelser med norska och engelska motsvarigheter daterats till omkring 1270-talet. Vid en restaurering år 1923 upptäckte man under det yngre 1600-talsmåleriet i det tidigare koret en början och ett slut på absidens bildberättelse.
Under förkristen tid var kultplatsen identisk med platsen för den politiska administrativa makten. Mycket tyder på att folket i Hackås med omnejd tidigt övergick till kristendomen. I Hov låg under medeltiden en stormansgård. Där residerade Skankeätten. Enligt en gammal tradition skall den första kyrkan ha byggts av en Skanke. Flera minnen av denna släkt finns i bevarade i kyrkan.