Sedan man under 1770-talet återanvänt kyrkans tegel till bygget av en ny kyrka stod den gamla kyrkan på nytt raserad och öde. Vid 1900-talets början tog kyrkoherden Arvid Salvén initiativ till en insamling för den gamla kyrkans upprustning och ett renoveringsarbete kom igång vilket slutfördes mellan åren 1934-36.
Den 29 maj 1721 tog sig den ryska grundgående galärflottan in genom södra sundet och Härnösand lades i aska. De närmaste dagarna brändes 686 gårdar ner i den omgivande landsbygden. 41 av gårdarna låg i Högsjö. Den 30 maj stacks Högsjö kyrka och klockstapel i brand. Vid branden gick kyrkans arkiv och inventarier förlorade. Efter freden i Nystad samma år påbörjades kyrkans återuppbyggnadsarbete under ledning av den landsflyktige Hans Biskop från Österbotten. Biskop tillverkande även en predikstol och en altaruppsats till kyrkan. År 1736 efter femton år av restaureringsarbeten och stora uppoffringar från församlingsbors sida stod kyrkan klar att åter tas i bruk. Med hjälp av Hans Biskops ritningar hade även en ny klockstapel uppförts av Josef Schütt, och den brandskadade klockan gjutits om.
Enligt sägen restes kyrkan av 18 åbor. Byggnaden uppfördes av traktens sten, gnejs. Den fick en rektangulär grundplan med brant takfall och utrusades med två små fönster. Ett i koret och ett på den södra väggen. Golvet bestod en tid av stampad jord. Koret och högaltaret avskärmades av ett korskrank. Under katolsk tid stod det i nordöstra hörnet ett Maria-altare och i det sydöstra ett altare tillägnat kyrkans skyddshelgon.