Den samiska verksamheten i Härnösands stift bedrivs framförallt i församlingarna, främst i Jämtland och Härjedalen, men samer finns i hela stiftet. Därför bedrivs verksamhet även i kustområdena, till exempel i Örnsköldsvikstrakten. Det handlar främst om gudstjänster, inklusive kyrkliga handlingar (dop, konfirmation, vigsel, begravning), med inslag av sydsamiskt språk och kultur. Det handlar också om gränsöverskridande (svensk-norska) mötesplatser och om firande av den samiska nationaldagen 6 februari.
Verksamheten arrangeras ibland i samverkan med svenska eller norska grannförsamlingar eller Härnösands stift.
Stöd för samisk identitet
Den kanske viktigaste samiska verksamheten är det samiska konfirmandläger som arrangeras av Luleå stift med ekonomiskt bidrag från Härnösands stift. Årligen deltar unga från hela landet som får stöd för sin samiska identitet i relation till detta att vara ung och kristen. Konfirmationshögtiden är en stor och glad släkthögtid. Många av konfirmanderna väljer att fortsätta som unga konfirmandledare och får en omfattande och värdefull ledarutbildning.
Ett annat av stiftets samiska engagemang är det sydsamiska kyrkobladet Daerpies Dierie som utkommer fyra gånger per år. Det är trespråkigt (sydsamiska, norska, svenska) och produceras tillsammans med Nidaros bispedøme och Svenska kyrkans nationella nivå.
En del av stiftets samiska verksamhet utförs i samarbete med Svenska kyrkan på nationell nivå, Luleå stift och med Norska kyrkan.