Källkulten med rötter i hednisk tid togs över av kristenheten, men kunde inte accepteras av alla företrädare inom kyrkan. Den förste efterreformatoriske ärkebiskop Laurentius Petri lät stänga källan vid sin kyrkovisitation år 1534. Källan fortsatte likväl att användas och många mirakel sades ske där. En stor mängd kryckor, som de sjuka lämnat efter sig, vittnade om källvattnets helande kraft. Inte ens sedan man år 1632 på befallning av dåvarande ärkebiskopen Petru Kenicius (Peter Köningsson) bränt en stor mängd kryckor, upphörde besöken vid källan. I samband med att kyrkan restaurerades år 1890 blev källan åter stängd och övertäckt med ett cementgolv. Orsaken var att man börjat leda in sjuka kreatur till det hälsobringande vattnet. Vid samma tid brändes två hästlass med kryckor och käppar som förvarats på kyrkovinden. I samband med att kyrkan restaurerades 1923 grävde man åter upp källan. I dag kan man åter dricka av källans järnrika hälsobringade vatten.
Den nuvarande medeltida stenkyrkan kan ha föregåtts av en äldre kyrkan sannolikt av trä. Kyrkan är byggd på en gammal kultplats. Under golvet i sakristian finns en källa. Den kan ha motiverat ett kyrkbygge på just denna plats. Ryktet om källans hälsobringade vatten nådde långt utanför Sveriges gränser. Till Sånga kyrka med dess undergörande källvatten har människor i århundraden vallfärdat för att söka bot.