I dag består Härnösands stift av landskapen Ångermanland, Medelpad, Jämtland och Härjedalen. Under medeltiden såg de administrativa gränserna annorlunda ut jämfört med det område som idag är Härnösands stift. Medelpad och Ångermanland ingick i Uppsala ärkestift och världsligt tillhörde Härnösands stift Storhälsingland, som från tidigt 1300-tal löd under Hälsingelagen. Landskapet Jämtland tillhörde Norge sedan år 1178, men kyrkligt löd det under Uppsala ärkestift, med undantag åren 1570–1645 då det tillhörde norska Nidaros ärkestift. Härjedalen tillhörde Norge både ur kyrkligt och världsligt perspektiv. Vid freden i Brömsebro år 1645 blev både Jämtland och Härjedalen svenskt.
1647 bildades Härnösands stift av de nordligaste delarna av Uppsala ärkestift, vilket var landskapen Ångermanland, Medelpad, Jämtland och Härjedalen, Lappland, Norrbotten och Västerbotten. Dagens stiftsgräns är resultatet av den delning av stiftet som genomfördes 1904 då Västerbottens- och Norrbottens län bildade Luleå stift.
I Sverige är det vanligast att dela in medeltiden i den period då Sverige var katolskt. Det var från 1050-talet då Sverige kristnades fram till 1527 då Gustav Vasas tillträdde som regent och inledde reformationen av kyrkan. I Sverige sammanfaller även den medeltida indelningen stilhistoriskt med de romanska och gotiska stilarna, som avlöstes av renässansen som oftast förknippas med Gustav Vasa. Perioden kan ytterligare indelas i äldre respektive yngre medeltid. Den äldre medeltiden sträcker sig från 1050-talet fram till digerdöden runt 1350-talet. Denna indelning stämmer inte när det gället länderna på kontinenten där medeltiden oftast representerar perioden från antikens fall till renässansens tidsålder, ungefär från 500-talet till 1400-talet.