Kyrkan ligger i anslutning till centrum, i en sluttning ner mot Mälaren intill ett gravfält från vikingatiden. Anläggningen består av två delar. Längst inne på tomten ligger kyrkan och närmast vägen mot Vårby gårds centrum finns församlingshuset i sex plan. Mellan husen står en klockstapel av trä. Kyrkan invigdes 1975.
Sankt Mikaels församling är en av fyra församlingar i Huddinge pastorat. Församlingens två kyrkor ligger i områdena Segeltorp och Vårby gård. I Vårby gård verkar församlingen i en mångkulturell miljö och söndagens mässa har en given plats i många människors liv.