Kapellet uppfördes av virke fällt under vinterhalvåret 1603–1604 och är därfördet äldsta av fiskarkapellen i området. Det uppfördes av Gävlefiskarna, kanske tillsammans med fiskare från Hudiksvalls stad och andra orter. Kapellet står som enda byggnad kvar i den gamla hamnen.
Kvar i gamla hamnen
På 1840-talet, då den gamla hamnen övergivits och en ny fiskehamn anlagts på öns sydsida, flyttades kapellklockan över till den nya hamnen, men kapellets placering fick man inte ändra. Därför får man nu för tiden gå till fots från den nya hamnen till kapellet. Man passerar då också en liten begravningsplats, som används än i dag.
Rokokostil
Utvändigt är Bålsö kapell brädklätt och rödmålat. Det tegelbeklädda taket kröns av tre spiror med vindflöjlar. Interiören är närmast 1700-talsmässig och domineras av altare och predikstol i rokokostil. Altaret pryds numer också av ett krucifix, skuret av fiskaren och snickaren Einar Selin 1944. Lägg märke till, att det helt och hållet är skuret med slidkniv.
Bänkinredningen är sluten och återgår åtminstone delvis till kapellets äldsta inredning. På fotbräderna återfinns nämligen långa rader av bomärken samt årtal, flera härrör från 1600-talets början. I övrigt får interiörerna i hög grad sin prägel av väggarnas dekor: målade, kanellerade pilastrar och hängande blomstergirlanger.
I en bod invid prästkammaren förvaras en vagga och en likkista. Enligt en för skärgården gällande ordning skulle alltid en likkista finnas redo ute i kapellen.