Sjukhuskyrkan i Karlskrona är ekumenisk, det vill säga representerar både frikyrkan och Svenska kyrkan. Det är alltså två arbetsgivare som gemensamt är huvudmän för Sjukhuskyrkan. För Svenska kyrkans del ligger ansvaret för Sjukhuskyrkans administration och utveckling hos Karlskrona - Aspö pastorat och dess kyrkoherde. För kostnaderna svarar församlingarna i Karlskrona - Ronneby kontrakt och Lunds stift.
Det frikyrkliga ansvaret för Sjukhuskyrkans administration och utveckling ligger hos ett råd bestående av representanter för de olika församlingarna i Karlskrona och Ronneby. Detta råd har till uppgift att vara huvudman för den frikyrkliga delen av verksamheten. Rådet har också nära koppling till Sveriges frikyrkoråd som bland annat har till uppgift att samordna själavård på institutioner i hela Sverige. För att göra det möjligt att ha en anställd sjukhuspastor bidrar varje församling med 150 kr/medlem och år. Ekonomiska bidrag kommer också från Sveriges frikyrkosamråd samt från Landstinget i Blekinge.
