Svenska kyrkans verksamhet i Köpenhamn startade 1901 då Pastor Nils Widner blev utsänd för att arbeta bland svenskt sjöfolk. Verksamheten kom dock snart att rikta sig till de många tusen svenskar som fanns i Köpenhamn med omnejd. Gudstjänster förrättades till en början i Garnisonskirken och i förhyrda lokaler på Rysenstensgade höll man dagliga sammankomster i de olika föreningar som bildades efter hand.
Behovet av en egen kyrka växte och 1903 bildades “Svenska Kyrkoföreningen” som såg som sin uppgift att förverkliga byggandet av en svensk kyrka i Köpenhamn. De svenskar som då bodde här band sig till att skänka 10 öre per vecka för att bekosta kyrkobyggandet. Uppdraget att rita kyrkan gick till domkyrkoarkitekten Theodor Wåhlin som tecknade den i tidstypisk nationalromantisk-jugendstil med kyrkorum, samlingslokaler, kontor, prästgård, personalbostäder, arkiv och förrådsutrymmen.
1908 lades grundstenen till kyrkan i närvaro av både det svenska och det danska kungaparet. Svenska Gustafskyrkan invigdes 1911 och namngavs efter dåvarande kung Gustaf V.