klostret
Monasterium sanctae Mariae et sancti Petri Lundis, det vill säga Sankta Maria och Sankt Peters kloster, hette klostret som uppfördes i mitten av 1100-talet av ärkebiskop Eskil. Med åren försvann Marias namn ur titeln, men Petrus namn blev kvar. Han finns som staty i nischen på kyrkans norra sida och återfinns på kyrkans sigill vars förlaga härstammar från tiden för klostrets grundande.
Klosterkyrkan var Lunds enda nunnekloster under medeltiden, men inte det enda som tillhörde den benediktinska klostertraditionen. Det gjorde även Allhelgonaklostret, och troligtvis var Sankt Peters kloster underställt det.
Tolv nunnor ska ha levt i klostret samtidigt och bett sina böner från en bakre läktare inne i kyrkan. Själva klosterbyggnaderna låg norr om kyrkan, på den del som idag är kyrkogård. Genom gåvor och testamenten ska klostret efter hand ha blivit mycket välbeställt.
Den danska reformationen drog fram hårt över Lund under 1500-talet. Klostren avvecklades och de flesta medeltida kyrkorna revs, förutom Domkyrkan. Undantaget var just Sankt Peters kloster och dess kyrka som fick stå kvar. Klostret avvecklades först runt år 1600. Klosterbyggnaderna revs under första halvan av 1600-talet.
kyrkan
Mycket lite av den urpsrungliga stenkyrkan från 1100-talet finns idag kvar. Den var byggd i romansk stil och var något mindre än dagens kyrka. Rester från denna går att finna i den sandsten som ligger till grund för kyrkan. I vapenhuset, på vänster sida, återfinns en stenrelief i markhöjd som troligtvis härstammar från mitten på 1100-talet. Liknande reliefter går att återfinna i Lunds domkyrka.
Den ursprungliga kyrkan hade ingen klocka. Först i slutet av 1200-talet byggdes en separat klockstapel bredvid kyrkan. När det nuvarande klocktrornet uppfördes flyttades den stora klockan in från klockstapeln, och har haft sitt hem i tornet sedan dess.
Under mitten av 1300-talet revs den gamla kyrkan då den ansågs för liten. Den ersattes då av en ny tegelkyrka i gotisk stil. Spetsbågarna och de höga valven präglar kyrkan från denna period.
Klosterkyrkan har sedan medeltiden även varit församlingskyrka. Under klostrets aktiva tid var nunnor och församling åtskilda under gudstjänsterna. I den norra väggen finns spår efter två igenmurade valv som troligtvis hjälpte till att bära upp nunnornas läktare. På norra sidan återfinns också en öppning med ett läktarskrank framför. Vad denna plats användes till är oklart. Kanske var detta priorinnans plats under bönerna, eller platsen för den nunna, cantrix, som ledde sången under bönerna.
Längs med mittgången finns två ljuskronor i mässing. De är skänkta till kyrkan runt år 1670. Den ena av en okänd givare, och den andra troligtvis av handlaren och rådmannen Haagen Chirstensson Bager och hans hustru Kirstine Tomisdotter.
Den nuvarande orgeln invigdes 1959 och är tillverkad av den danska orgelbyggarfirman Marcussen & Son. Orgeln används flitigt och är mycket omtyckt.