Församlingens högst beslutande organ är Kyrkofullmäktige (KF).
Det utses vart fjärde år genom direkta val och består av 25 ordinarie ledamöter och 13 ersättare. Nästa val sker i september 2025. KFs arbete leds av en ordförande. Ordförande för perioden 2022-2025 är Johannes Ekström och vice ordförande är Ida Ekeroth Clausson. KF sammanträder normalt två till tre gånger per år. Sammanträdena är offentliga, det vill säga öppna för allmänheten.
Ett av kyrkofullmäktiges första beslut efter ett val är att utse ett kyrkoråd. Kyrkorådet (MKR) är församlingens styrelse och består av 10 ledamöter och 5 ersättare samt kyrkoherden som är självskriven ledamot med rösträtt. MKRs arbete leds av arbetsutskottet bestående av ordförande och vice ordförande. Under innevarande mandat period är Gerd Larsson ordförande, Claes-Henrik Martinsson förste vice ordförande och Jan Wahn andre vice ordförande. Dessa tillsammans med kyrkoherden är också arbetsutskott som bereder ärenden som skall behandlas av MKR.
MKR förbereder alla ärenden som skall behandlas av kyrkofullmäktige. Här kommer budget och bokslut som två tunga poster men MKR ansvarar även för beslut om mål och inriktning samt att församlingen uppfyller kyrkoordningens regler och krav. MKR ansvarar även för att församlingens grundläggande uppgifter blir utförda. Församlingens grundläggande uppgift är, enligt kyrkoordningen, att fira gudstjänst, bedriva undervisning samt utöva diakoni och mission. MKR sammanträder ca en gång i månaden. Sammanträdena är inte offentliga men protokoll finns här på hemsidan och även anslagna på församlingsexpeditionen.
Begravningsutskottet ansvarar för församlingens begravningsverksamhet. Under denna mandatperiod är Anne-Marie Askerlund ordförande och Marianne Johansson vice ordförande. I begravningsutskottet finns 5 ledamöter och 3 ersättare. Det av länsstyrelsen utsedda begravningsombudet Karin Ahrle har närvaranderätt. Kyrkogårdsförvaltningen består av sex kyrkogårdar, ett krematorium samt Skogskapellet.
Fastighetsutskottet ansvarar för Mariestads församlings samtliga fastigheter. Ordförande i fastighetsutskottet är Anders Johanasson. I fastighetsutskottet finns förutom ordföranden 4 ledamöter.
Direkt under kyrkorådet finns även ett internationellt utskott som leds av ordförande Birgitta Sjö. Utskottet skall svara för församlingens internationella uppgifter tillsammans med församlingens anställda.