Sverige är uppdelat i tretton stift. Ett stift leds vanligen av en biskop, utom Uppsala ärkestift, som är uppdelat på ärkebiskopen och en annan biskop.
S:t Matteus församling ingår i Stockholms stift.
Församlingens chef är kyrkoherden, som ingår som självskriven ledamot i kyrkorådet. Kyrkorådet väljs av kyrkofullmäktige och är församlingens styrelse och verkställande beslutsorgan. Kyrkofullmäktige beslutar om verksamhetens inriktning och budgetramar. Kyrkofullmäktiges ledamöter väljs enligt demokratiska principer i de kyrkliga valen, som äger rum vart fjärde år.
I församlingens verksamhet arbetar engagerade församlingsbor, så kallade ideella medarbetare, sida vid sida med förtroendevalda och anställda – präster, diakoner, kyrkomusiker, vaktmästare, pedagoger för barn-, familje- och ungdomsverksamhet, husmor samt administrativa tjänstemän.