Alnö nya kyrka stod färdig 1896. Då lämnades den Gamla kyrkan obrukad i 30 år innan man började se över den. Alnös berömda dopfunt är tillverkad i furu och gran, förmodligen på 1100- eller 1200-talet. Den anses vara en av Europas främsta kulturföremål. Dopfunten har lämnat Alnö kyrka vid två tillfällen. 1963 ställdes den ut i Louvren i Paris och 1964 i Uppsala. Dopfuntens utsmyckning visar kampen mellan fornnordisk tro och kristendom och belyser dopets viktiga innebörd.
1936 genomgick nya kyrkan en grundlig restaurering, utbyggnaden på norra långsidan tillkom då.
Altartavlan är en reproduktion av altartavlan i Molde kyrka, Norge. G.P.Braaten, som skänkte tavlan var född just i Molde. 1961-62 fick kyrkan elva skulpturer, gjorda av Marcus Lövblad, med motiv från gamla och nya testamentet och från svenska kyrkans historia.
Arkitekt var Ferdinand Boberg.
Det finns plats för ca 400 personer.