Böja kyrka har sitt ursprung i 1200-talet. Den är också församlingens minsta kyrka. Kyrkan fick troligen sitt nuvarande utseende under slutet av 1600-talet.
1706 tillverkades altaruppsatsen av bildhuggaren herr Jonas uti Låstad. Densamme har med all sannolikhet snidat predikstolen 1698. Dopfunten är från 1100-talet, gjord av Mäster Johannes.