Stadsarkitekten Karl Flodin uppförde dagens S:t Johannes kyrka mellan 1904-1906 och ersatte då det vi idag kallar Hörsalen som byggdes 1827 och tidigare var känd som S:t Johannis kyrka.
I dagens S:t Johannes kyrka finns tre ljuskronor från 1700-talet som kommer från den gamla kyrkan, likaså togs altartavlan därifrån och sattes in 1927.
Kyrkan har renoverats flera gånger. År 1970 tillkom tre korfönster av Bo Beskow och samtidigt togs altartavlan bort. De bruna färgtonerna ersattes då av ljusgröna bänkar och gammelrosa väggar.
Under år 2016 renoverades kyrkan utvändigt och under 2017–2018 renoverades den invändigt.