Församlingen leds av kyrkoherden som - tillsammans med församlingens arbetsledare - ansvarar för gudstjänstliv, undervisning, diakoni och mission. Nyköpings församling ingår i Strängnäs stift.
Sju kyrkor, två kapell, två församlingshem, ett krematorium och fyra kyrkogårdar – allt detta förvaltar Nyköpings församling. Dessutom finns församlingen representerad i Sjukhuskyrkan, på häktet och anstalten.
Kyrkofullmäktige är det högsta beslutande organet inom församlingen. Kyrkorådet är församlingens styrelse och verkställande organ.