Församlingen har lokal självstyrelse, men är samtidigt en del av ett stift och Svenska kyrkan som trossamfund.
Delaktigheten i de döptas och troendes allmänna prästadöme förenar alla i församlingen, vigda (präster och diakoner) och icke vigda. Alla har tillsammans ansvaret för att församlingens grundläggande uppgift blir utförd (att fira gudstjänst, bedriva undervisning, samt utöva diakoni och mission).
Den demokratiska organisationen och kyrkans ämbete eller vigningstjänst har
gemensamt ansvar för att bedriva en verksamhet i enlighet med Svenska kyrkans
tro, bekännelse och lära.
Kyrkans verksamhet bärs organisatoriskt upp såväl av alla kyrkotillhörigas, och särskilt de förtroendevaldas, ansvarstagande inom den demokratiska organisationen som av ansvarstagandet hos dem som är vigda till uppdragen inom kyrkans vigningstjänst (biskopar, präster och diakoner).
De förtroendevalda och andra som tillhör kyrkan har tillsammans med dem som innehar vigningstjänsten del i det gemensamma uppdraget att förkunna det kristna budskapet. Tillsammans har de också ansvar för det demokratiska beslutsfattandet och för besluten.
Övertorneå församling har ett kyrkoråd som styrelse och en kyrkoherde med ansvar för ledning, samordning och tillsyn.
Kyrkofullmäktige
Kyrkofullmäktige är församlingens högsta beslutande organ. Det beslutar i principiella ärenden och i ärenden som på annat sätt är av större vikt,
Kyrkofullmäktiges ledamöter och ersättare väljs vart fjärde år av röstberättigade medlemmar i Övertorneå församling. Valet sker samtidigt med val till stiftsfullmäktige i Luleå stift och kyrkomötet i det s.k. kyrkovalet. År 2025 är det kyrkoval 8–21 september.
Kyrkorådet
Kyrkorådet är församlingens styrelse. Det ska ha omsorg om församlingslivet och har gemensamt med kyrkoherden ansvar för att församlingens grundläggande uppgift blir utförd.
Åtta ledamöter i kyrkorådet och ersättare för dessa är valda av kyrkofullmäktige. Församlingens kyrkoherde är också ledamot i kyrkorådet.
Kyrkoherden
Kyrkoherden är en anställd präst som leder all verksamhet i församlingen och har ansvar för ledning, samordning och tillsyn där. Hen har gemensamt med övriga kyrkorådet ansvar för att församlingens grundläggande uppgift blir utförd.