När Erik Segersäll på 900-talets slut grundar Sigtuna och knyter de kristna stormannaätterna till sig, kan detta ses som en motpol till kultplatsen Gamla Uppsala. Här höll de gammaltroende stormannaätterna ända fram till 1130-talet fast vid Tor, Oden och Freja. När kung Sverker den äldre på 1130-talet tar makten över Sverige, så verkar det som om det är han som stänger den fornnordiska kulten i Gamla Uppsala. Först nu på 1130-talet etableras den första kyrkan i Gamla Uppsala och denna kyrka blir 1164 Sveriges första ärkebiskopskatedral och ärkebiskopssäte. Men fram till 1130-talet ligger alltså Upplands biskopssäte i Sigtuna.
De tidiga kyrkorna
Trots att Sigtuna mister sin biskop, behåller staden sin status som viktig kyrklig etableringsplats under medeltiden. Om detta vittnar kyrkornas arkitektoniska utveckling med om- och tillbyggnader under 12.00-, 13.00- och 1400-talen samt att man på 1230 i Sigtuna får ett av Nordens första dominikanerkloster.
Samtliga kyrkor i Sigtuna, utom Mariakyrkan, har sitt ursprung i träkyrkor från 1000-talet eller från 1100-talets början som låg under de nuvarande stenkyrkorna. De allra tidigaste kyrkorna kan ha legat på 2 eller möjligen 3 platser i Sigtuna. En av de tidigaste kyrkplatserna är vid Sigtuna museitomt. Den andra och tredje platsen är där S:t Olof och S:t Pers stenkyrkoruiner ligger idag.
Numer pågår en diskussion om vilken kyrka som var biskopskyrka nr 1 eller 2 - kyrkan på museitomten eller det som idag är St. Olofs ruin.
Två indikationer på att kyrkan på museitomten är den första biskopskyrkan i Sigtuna (från 1000-talet) är att man bredvid stenkyrkans murar funnit en biskopsgrav och att denna kyrka ligger på själva Kungsgårdstomten. De tidigaste biskoparna i Norden var kungens huskaplaner och därmed knutna till kungsgårdskyrkor.
Antingen har kungsgårdskyrkan på museitomten fortsatt att vara biskopskyrka ända fram tills dess att man flyttar stiftsfunktionen till Gamla Uppsala på 1130-talet, eller så har biskopsfunktionen överflyttats till någon av de andra äldre kyrkorna, S:t Olof eller möjligen S:t Per.
Länge trodde man alltså att S:t Per var en biskopskyrka men idag lutar det alltså mer åt att det var S:t Olof. Detta p.g.a. av S:t Olofs stora ”funktionella kor”, d.v.s. med korsarmarna, centraltornet och det framför allt stora treskeppiga koret med altarabsiden som kunde rymma många präster och ha en praktisk rituell funktion som man behövde i en domkyrka.