Kansliet ligger vid strax intill domkyrkan vid Skoltorget i Skara. Här har kyrkan haft sina lokaler sedan 1200-talet även om nuvarande byggnader är av yngre datum.
Kansliet är indelat i flera avdelningar: avdelningen för kyrkoliv, egendomsavdelningen och avdelningen för gemensamma funktioner. I organisationen ingår också stiftsgårdarna Flämslätt och Skara stifts själavårdsinstitut Lilleskog.
Avdelningen för kyrkoliv inrättades vid en omorganisation 2020, då den tidigare församlingsavdelningen och staben lades samman. Här står församlingskontakter i fokus på olika sätt, inte minst genom Vägen vidare. Kurser och kompetensutveckling, inspirationsdagar och olika arrangemang finns på programmet men också en rad projekt där man ofta arbetar tillsammans med företrädare för pastoraten.
Egendomsavdelningen har hand om förvaltningen av kyrkans egendom i form av skog, jord och värdepapper. Som förvaltare av stora arealer skog och mark har egendomsavdelningen också ett särskilt ansvar för natur- och miljövård.
Avdelningen för gemensamma funktioner sysslar med bland annat ekonomi och personalfrågor. Även IT-frågorna hör till denna avdelning.