På mitten av 1100-talet började Scipendorpsborna bygga sin kalkstenskyrka. Det blev en liten enkel byggnad utan torn och valv, men den kom att ligga högt. För en kyrka skall vara inte endast ett själarnas riktmärke utan också en fast punkt för de sjöfarande. Man tror också att namnet Scipendorp, som senare omändrades till Skivarp, har med skeppare att göra.
Ett par århundraden senare, vid 1300-talet, fick kyrkan sitt kraftiga trappgaveltorn som begagnats som försvarstorn. På 1400-talet slog man de vackra valven, och en konstnärsgrupp som vi kallar ”Skivarpsmästaren” smyckade dem med fresker (målningar). Fresker kallas för ”Biblia pauperum”, det vill säga fattigmans bibel. Den tidens människor kunde inte läsa, predikningarna hölls på latin och det var därför man målade berättelserna i kyrktaken. I långhuset ser vi Kristus som världens domare (den yttersta domen). Ur hans mun utgår ett svärd och en lilja och vid sidorna syns Maria och Johannes. Vi finner också en bild av Jesu födelse där man ser Josef stå för matlagningen. Triumfbågen har helgonfigurer och absiden en framställning av nådastolen.
Skivarpsmästaren, bestod av en grupp målare som verkade kring Skurup och målade i många skånska kyrkor. Deras särdrag är akantusrankor, fyruddiga stjärnor av treklöver och svampliknande träd som ska föreställa palmer.
Under medeltiden ville gärna våra kyrkor ha en relik, ett heligt föremål, som kunde hjälpa mot sjukdomar och annat ont. I Skivarps kyrka hade man en relik, som man sa var Jungfru Marias armben. Men så kom reformationen på 1500-talet och sopade bort allt katolskt, kyrkorna vitkalkades och relikerna kastades bort. Då upptäckte man att benet aldrig suttit i Marias arm utan i foten på en säl.
Altaruppsatsen, troligen från 1600-talet, är snidad i ek, färgrik och förgylld. Altaret har två tavlor, som är något yngre, och föreställer Jesus i Getsemane samt himmelsfärden. En tidigare altartavla hänger nu i norra korsarmen. Även predikstolen är från 1600-talet och bär bilder av evangelisterna. I dopfunten finns ett tennfat, som bär årtalet 1635 och är en gåva av Christer Osterson som bodde på Hörte mölla. Riksvapnet i norra korsarmen bär Carl XII:s namnchiffer och hängdes upp 1698. Liknande vapen finns i många kyrkor och sattes upp för att inpränta i motsträviga skåningars hjärtan att de nu ej var danskar utan svenskar.
Någon gång på 1700-talet iordningsställdes en ”nykyrka” i norr. På 1850-talet ersattes denna med en större korsarm. Vapenhuset i söder revs och även där byggdes en liknande korsarm. 1934 genomgick kyrkan en stor reparation, det var då man upptäckte de vackra målningarna. Tack vare två Skivarsbors donationer tillkom då också de vackra glasmålningarna som utfördes av Gunnar Torhamn.
Kyrkan genomgick 1997 en omfattande renovering varvid takmålningarna rengjordes, bänkar och golv målades samt iordningsställdes i södra korsarmen en sakristia. I vapenhuset togs bänkar bort för att få en större entréhall. Av donerade pengar köptes en ny ljuskrona till vapenhuset.
Genom många sekler har alltså kyrkan utformats och förskönats och hör i våra dagar till de vackraste på Söderslätt.