På 1500-talet byggdes en ny kyrka i Misterhult, av den här äldsta kyrkan finns sakristian fortfarande kvar på Gamla kyrkogården. Numera används den året runt som kapell.
1768 beslutade kyrkostämman att en ny kyrka skulle byggas. Den nya kyrkan byggdes under 1777-1780 under ledning av murmästare Petter Andersson och Petter Lindstrand. Kyrkan invigdes 1790. Socknens ståndfamiljer fick egna loger i kyrkan med egen läktare och ingång.
Kyrkan har sedan dess genomgått flera renovering. En omfattande renovering genomförde 2007-2008 då bland annat bänkarna målades, vigselrum renoverades och de igensatta korfönstren togs upp. Under tiden renoveringen pågick firade församlingen gudstjänster och mässor i Lillkyrkan, som ligger bredvid Misterhults kyrka.
I kyrkan finns flera intressanta föremål. Bland annat hänger ett truimfkrucifix ovanför dörren till sakristian. Krucifixet är tillverkad i en skulpturverkstad vid Linköpings Domkyrka i slutet av 1300-talet och hängde tidigare i den gamla kyrkan.