Orgeln som är den största av Wistenius orglar som bevarats till vår tid, har 20 stämmor, 12 i manualen och 8 i pedalen. Wistenius använde en del pipmaterial från kyrkans tidigare orgel. Den tidigare orgeln var ett 10-stämmigt instrument från Danzig (nuvarnade Gdansk i Polen) uppsatt i kyrkan 1694.Träsniderierna på den vackra orgelfasaden är utförda av bildhuggaren Nils (Niclas) Österbom från Norrköping. Han har även gjort predikstolen.
Mitt under den pågående högmässan en söndag 1762 slog åskan ned i tornet. Orgeltramparen omkom och en del av piporna och mekaniken skadades. Församlingens organist Peter L. Nyman lagade orgeln provisoriskt. Först 1788-89 utfördes en ordentlig reparation av Wistenius lärjunge Pehr Schiörlin, Linköping. Han förnyade en stor del av pipverket och bytte ut några av stämmorna i den ursprungliga dispositionen. Bland annat blev en Spitzfleut 8´ utbytt till Principal 8´, Qwinta 1 ½´ blev Qwinta 3´. Orgeln fick mer "botten" och pipmaterial av bättre kvalitet. Orgeln reparerades 1830 av Anders Jonsson från Ringarum och 1862 av Nils Petersson från Visby.
1905 invigdes den nya kyrkan, S:t Petri. Då stängdes S:ta Gertruds kyrka och tjänade bland annat som sädesmagasin. Orgeln blev delvis skadad under denna period. Kyrkan renoverades 1932-33 och togs åter i bruk i samband med firandet av Västerviks 500-årsjubileum 1933.
För iståndsättningen av orgeln svarade A. Magnussons Orgelbyggeri, Göteborg. Även 1941 utförde de arbeten på orgeln.1948 genomförde den danska orgelfirman Th. Frobenius & Co.,Lyngby, en genomgripande renovering eller omändring av orgeln. På förslag av musikdir. Waldemar Åhlén, Stockholm, men under protest från orgelfirman ändrades bland annat dispositionen.
Orgelkännaren doktor Einar Erici ordnade så Tjärstads församling, Östergötland skänkte en Vox Humana 8' (Schiörlin 1805) och Kårsta församling, Uppsala stift, en Fugara 8' (Gustaf Andersson 1850). Vox Humanans tuber ersatte de tidigare Trumpetuppsatserna och Fugaran den tidigare Vox Humanan.
Under åren 1967-68 reparerades orgeln av orgelbyggaren Einar Berg, Stockholm.
Den 9 juni 2001 återinvigdes orgeln efter en restaurering utförd av Åkerman & Lunds orgelbyggeri AB. Den tekniska apparaten är nästan helt intakt av Wistenius och dispositionen följer Schiörlins omarbetning 1789. Bland annat Trumpet och Vox Humana klingar åter så som Schiörlin avsett.
Principprogrammet för restaureringen upprättades av orgelkonsulten Carl-Gustaf Lewenhaupt 1994. Han har haft ett nära samarbete med orgelbyggare Lars Norgren. Efter Lewenhaupts tragiska bortgång har Niclas Fredriksson varit konsult för restaureringsprojektet. Kalevi Mäkinen och Helmut Gripentrog har utfört intonationsarbetet. Orgelläktaren som byggdes ut 1869 och även 1890-91 för att skapa fler sittplatser gjorde att orgelns klang blev instängd i tornvalvet. Vid restaureringen återskapades den ursprungliga organistläktaren med två små solistläktare på var sida. Fasaden framträder nu åter i hela sin skönhet och orgeln klingar ut mycket bättre i kyrkorummet.
Orgeln är en av Nordens mest särpräglade och värdefulla historiska orglar och en av de mest välbevarade verken från 1700-talet.