Eksjö kyrka är uppförd i nyklassicistisk stil i slutet av 1800-talet efter att en tidigare kyrka från 1666 rivits.
Kyrkan genomgick i början av 2000-talet både utvändig och invändig restaurering. Ett andaktskapell finns sedan 2001 i södra korsarmen.
Kyrkans nuvarande orgel byggdes av Nils Hammarberg i Göteborg och invigdes 1967, men flera stämmor från kyrkans gamla Nordströmsorgel från slutet av 1800-talet ingår.
Kyrkogården som tidigare fanns vid kyrkan lades ner på 1840-talet, och ersattes istället med Sankt Lars kyrkogård. Senare anlades istället kyrkparken invid kyrkan.