Kyrkorummet har samma typ av röda tegelmurar som fasaden, som är murad i munk- respektive löpförband och har detaljer av betong. I vinklarna där två murytor möts har en speciell murningsteknik använts vilket ger ett intryck av att väggarna är flätade i varandra. Teglets röda färg varierar mellan olika väggytor. Detta är gjort för att ge liv åt de stora ytorna och framhäva en bild av det mänskliga - inte något maskinperfektionistiskt.
En stor lanternin höjer sig över mitten av kyrkorummet och sprider överljus. Fyra stora takkronor består av en mängd stora glödlampor i en mässingsarmatur. Utmed kyrkans väggar sitter väggarmaturer av samma typ men med fyra glödlampor.
I den södra korsarmen ligger koret med ett altare av rött tegel och en gjuten betongskiva dekorerad med ingjutna kalkstensplattor och viss förgylld dekor. På korväggen sitter ett stort träkors. Ambon av gråmålat trä, som ersätter den ursprungliga predikstolen, står framför piscinan. På muren väster om altaret är en skulptur placerad föreställande Maria, Jesusbarnet och Johannes Döparen. Denna 1600-tals skulptur är deponerad av Stockholms stadsmuseum.
I den västra korsarmen står orgeln med fasad av laserad träpanel i tegelrött och blått. Orgelverket med 22 stämmor är tillverkat av Mårtenssons Orgelfabrik AB i Lund. I den östra korsarmen finns en läktare som nås via ett rundmurat, slutet trapphus. Läktarbarriären är av trä och laserad i tegelrött och blått. Under läktaren finns en dörr till församlingsbyggnaden.
Närmast väster om kyrkporten i norr sitter en svart kubformad sten, delvis polerad och inmurad i väggen. Stenen sattes upp 1990 till minne av de barn från Kista som omkom i en bussolycka i Norge 1988.