Församlingen bedriver verksamhet i tre kyrkor Storkyrkan, S:ta Clara och S:t Jacobs kyrka.
Året om arrangeras konserter i alla kyrkorna, både större musikupplevelser med entré och gratis konserter.
Det diakonala arbetet handlar till största delen om arbete bland människor som lever i yttersta utsatthet. Sedan 2009 bedriver Föreningen S:ta Clara kyrka verksamheten i S:ta Clara kyrka. Citydiakoni har sin verksamhet i S:ta Clara kyrka.
S:t Jacobs kyrka såldes till Stockholms stift 2019. Stockholms domkyrkoförsamling bedriver konsertverksamhet i Jakobs kyrka.
Storkyrkan är Stockholms domkyrka och har ca 400 000 besökare per år från när och fjärran. I Storkyrkan firas riksmötets öppningsgudstjänst varje år. I anslutning till Storkyrkan bedrivs seniorträffar och Katedralakademin med föreläsningar.