Den kyrka vi ser idag är i mångt och mycket en kyrka från 1800-talet.
Franciskanerorden, som skapades av Franciskus av Assisi i Italien, kom till Stockholm redan på 1200-talet. Ett kloster anlades på en ö väster om Stadsholmen, den som idag heter Riddarholmen. Av klostret återstår Riddarholmskyrkan.
Den kvinnliga grenen av franciskanerorden, clarissaorden, etablerades i slutet av 1200-talet några hundra meter norrut genom att Klara kyrka byggdes. Klostret levde i stor välmåga fram till 1400-talet. Då började antalet nya nunnor minska, inkomsterna tryta och väpnade konflikter drabbade klostret så att det fysiskt förföll. Även om clarissornas kloster formellt stängdes av Gustav Vasa på 1530-talet hade det förvandlats till en ruin redan tidigare.
I slutet av 1500-talet byggdes Klara kyrka upp på nytt för att nu fungera som församlingskyrka. Kyrkan förstördes dock allvarligt vid en brand under mitten av 1700-talet. Kyrkan byggdes upp igen men under 1800-talet skedde flera stora ombyggnader och hela interiören fick nytt utseende.
Vem var S:ta Clara?
I Assisi i Italien bodde en kvinna som hette Chiara Sciffi. Hon tillhörde en rik högreståndsfamilj men hon blev under sin ungdom fascinerad av den helige Fransiskus och hans fattigdomsorden. Då Chiara var 18 år gammal flydde hon till franciskanerbrödernas kloster strax utanför Assisi och 1212 blev hon nunna där. I kyrkan S:t Damianus inrättades ett kloster och därmed klarisornas orden som uppkallades efter henne. Klarisornas orden följde fransiskanerbrödernas orden vad gällde stadgar och ideal och den nya orden växte snabbt. 1253 avled Chiara Sciffi och helgonförklarades två år senare. Vid den tiden fanns redan ett 70-tal klarisinnekloster runt om i Europa.
Magnus Ladulås och S:ta Clara kloster
Det finns ett fåtal handlingar som rör S:ta Clara klosters uppkomst, klostrets arkiv förstördes nämligen i samband med att klostret revs 1527. Första gången klostret omnämns är 1286 i ett brev utfärdat av kung Magnus Ladulås. I brevet donerar han mark på Norrmalm som blev en grundplåt till klostret. Detta skulle bli det enda klarissinneklostret i Sverige. Tio år tidigare hade Magnus Ladulås grundlagt Fransiskanerklostret på Riddarholmen.
Omkring 1289 stod klostret färdigt och den första kända abbedissan hette Ingeborg. Magnus Ladulås satte dottern Rickissa i klostret när hon var sju år gammal och hon blev senare abbedissa.
Klostret förfogade över en stor jordegendom som skulle säkra dess försörjning. Jordegendomen utökades ständigt av testamentesgåvor och donationer. Den enda mannen i klostrets förvaltning var just sysslomannen (förvaltaren), annars skötte nunnorna sin egen ekonomi. Dessutom hade klostret stort stöd av sina bröder i franciskanerorden på Riddarholmen.
Klostret utplånas
Klostret drevs i drygt 150 år utan allvarliga problem. Men under senmedeltiden, från 1450-talet fram till renässansens inträde 1523, började donationerna tryta. Allt färre satte sina döttrar att bli nunnor och reformationsivrarnas röster blev allt starkare. 1447 skriver en krönikör att stora delar av klostret hade ödelagts av en eldsvåda. Klostret fortfar dock att verka. Det sista skydds- och privilegiebrevet är utfärdat 1457 av kung Kristian I.
Krigen om Stockholm
Sen började unionsstriderna. Flera gånger under sent 1400-tal invaderas Stockholm av danskar. De avgörande striderna står ofta på Norrmalm. Klostret ligger i skottlinjen. 1508 är klostret i ett bedrövligt skick och man sänder ett bud till påven. Resultatet blir att alla som går till klostrets gudstjänster vissa högtidsdagar och då lämnar kollekt blir försäkrade om syndernas förlåtelse. Ändå tycks klostret inte klara alla de investeringar som krävs.
1522 var Anna Reinholdsdotter klostrets sista abbedissa. Hennes svåger var den danske befälhavaren Gorius Holste. Stockholm ockuperades ihärdigt vid Kristian Tyranns invasion 1520 och flera medborgare flydde ut till klostret. Abbedissan hade emellertid gjort ett avtal med sin svåger om att signalera när stockholmare fanns i klostret. Danskarna tog dem till fånga och återlämnade dem till staden där de ”ganska obarmherteligen och jämmerligen” trakterades.
Reformationen
1523 kröntes Gustaf I till kung och redan 1527 drev Västerås riksdag igenom reformationen. Vid samma riksdag beslutades att kyrkorna och klostren på malmarna skulle rivas och resterande kyrkor lämna kyrkoskatt till kungen. Byggnadsmaterialet från malmarna blev till förstärkningar av stadens och slottets försvar. Fransiskanerna hade drivits iväg och klarissorna fick flytta in till Riddarholmen för att idka sjukvård. Vid riksdagen i Örebro 1531 övergick klosterorden till att bli ett helgeandshus. Klostrets ägor övergick i stadens ägo som betesmark för boskap.
Johan III:s kyrka 1572 eller 1577
Kung Johan III lade snart grunden till en ny kyrka på den plats där klosterkyrkan legat. Kyrkan byggdes i tegel med detaljer i sten. Av tegelförbanden (tekniken) kan vi se att ingen del av den gamla kyrkans murar ingår i den nya. Kyrkan byggdes i den form som vi ser idag, ett långhus med tvärskepp och västtorn samt ett traditionellt avsmalnande kor i öster.
Henrik van Hufwen 1587
Det finns olika åsikter om när bygget skall ha startat, bland annat nämns årtalet 1572. Enligt kungens byggnadsbrev och diarium var bygget igång 1577 och 1586 ger kungen order om att installera klockor och altartavla. 1587 omtalas Henrik van Hufwen första gången som byggmästare. Kyrkan bör ha varit i det närmaste klar 1589 då tornet beläggs med koppar. 1590 står antecknat i Fatbursräkenskaperna på Stockholms slott att S:ta Clara kyrka försetts med ett stort antal föremål, bl a antependier, altarljusstakar, röcklin, mässärkar och stolor.
Fortsatt byggnadshistoria
Byggnationerna fortsatte och 1627 satte man upp en ny tornspira därför att den gamla ansågs för rank. Mellan 1633 och 1647 belades alla tak och torntaket med koppar, och till det fick församlingen 600 dlr sm i bidrag från drottning Kristina. Ett förgyllt kors uppsattes på den östra gaveln 1645.
År 1649-50 revs vapenhusen i korsarmarna och deras valv revs tillika den ursprungliga sakristian och i stället uppbyggdes läktare i två plan. En ny sakristia om ett rum med kryssvalv byggdes mellan den norra korsarmen och den norra fasaden 1649-51. På dess nordfasad bildar ankarslutarna årtalet 1651. Då sakristian kom att dölja ett av nordfasadens spetsbågiga fönster igenmurades det i dess nedre del. Samma år byggdes på tornets norrsida en likbod (sedermera riven). 1660 byggdes även en övre och en nedre läktare i väster. Läktarbarriärerna dekorerades med målningar bekostade av Olof Larsson. 1664 lät han också bekosta målningarna på sidoläktarnas barriärer.
1722 satte man in nya fönster och södra trapphuset blev färdigt 1726, det bekostades av grevinnan Agneta Wrede och uppbyggdes troligen efter Adelcrantz ritningar.
Branden 1751 samt återuppbyggnaden och invigningen 1753
Den 8 juni 1751 utbryter brand på Norrmalm och kyrkan eldhärjas kraftigt. Taket, fönster, inredningen och golvet (gravplatserna) förstörs, endast ytterväggarna står kvar. Dock lyckades man rädda kyrksilvret och en del av arkivet. I detta läge träder församlingens engagerade kyrkorådsledamöter in och en enorm aktivitet utbryter. Överintendent Carl Hårleman lägger fram ritningar för reparation och styckgjutare G. Meyer och handelsman Nils Nyman initierar och driver arbetet. För att bekosta arbetet slår man mynt av kyrkans förstörda koppartak, dessutom inkommer kollektmedel från hela landet.
På påskdagen 1753 togs kyrkan åter i bruk. Då Carl Håreman avlidit i januari hade Carl Fredrik Adelcrantz ersatt honom som huvudansvarig för återuppbyggnaden.
1753 var nästan allt färdigt men inredningen var provisorisk. Sent på året blev predikstolen färdig, troligen byggdes den nya sakristian i korsarmen nord-öst i kyrkan samtidigt. Sedan färdigställdes orgelläktaren 1761 och altaret 1790.
Tornet 1768-1884
1751 byggdes en provisorisk tornhuv, mest som skydd. Carl Hårleman gjorde sedan ordentliga ritningar till en tornspira som godkändes 1768. Denna kom dock inte att utföras därför att det saknades pengar. I stället byggde man en provisorisk tornspira efter ritningar av C.F. Adelcrantz från samma år. Provisoriet fick sitta kvar till renoveringsarbetena av kyrkan 1884-86 då nuvarande tornspira restes.
Renoveringar
1949 fick kyrkans sina nuvarande ljuskronor, 18 st., ritade av slottsarkitekt Ove Leijonhufvud. Bänkarna tillverkades och sattes in vid den senaste renoveringen 1963-65. Samtidigt belades golvet med ljusgrå kalksten.