Av Värby församlings kyrkor är det denna som är sig mest lik sedan uppförandet vid 1100-talets slut. Långhus, kor och absid härstammar från denna tid. Värt att notera är korets tunnvalv som är ett av få kvarvarande i Skåne från denna tid. Långhuset har två valv och under senmedeltiden förlängdes kyrkan med ytterligare ett i väster, troligen på grund av att församlingens befolkning växte. Något senare tillkom tornet ovanpå detta nya valv. Det fanns ett vapenhus i den södra långhusväggen men detta har rivits och tornets bottenvåning blev nytt vapenhus.
På 1740-talet byggdes en tillbyggnad som ursprungligen var gravkor åt familjen på Skabersjö slott. Under 1800-talet började gravkoret användas som kyrkorum för gudstjänstbesökare och gravarna flyttades ut på kyrkogården. En anledning ska ha varit fukten i kyrkan som bidragit både till att kistorna blivit i dåligt skick men också påverkat lukten i kyrkan.
Altartavlan är ovanlig då den kommer från 1700-talets slut, en tid som är dåligt representerad när det gäller altarprydnader. Mellan 1942 och 1961 var altartavlan vänd bak- och fram och över den hängde ett tygstycke då den ansetts för ful av den dåvarande kyrkoherden. Predikstolen tillkom på sent 1500-tal och har moderniserats samt fått sin ursprungliga färg borttagen.
Hela kyrkan renoverades under de sista åren av 1800-talet och då tillkom nuvarande bänkinredning, orgelläktare, fönster m m.
I tornet finns tre klockor och den äldsta härstammar från 1300-talet. Kyrkan skall under medeltiden ha smyckats med kalkmålningar vilka vid renoveringar bedömts vara i så dåligt skick att de inte restaurerats och kyrkorummet är därför vitmålat än idag.
Skabersjö kyrka fungerar utmärkt till både dop, vigsel och begravning. Kyrkorummet är något udda till formen och man bör inte räkna med sittplatserna i sidoarmen eftersom man därifrån inte ser vad som händer vid altaret. I långhuset finns plats för 70-80 personer och i kyrkan finns totalt plats för 120 personer. Skabersjö kyrka är en omtyckt kyrka vad det gäller musik på grund av den goda akustiken.
