Klostret vid Kungsberg på Fogdön togs i bruk år 1289, då nunnorna flyttade dit från Fogdö kyrka. Där hade de bott och verkat under ca ett halvt sekel. Orden grundades dock redan under förra delen av 1100-talet som ett benediktinerkloster. Möjligen kan klosterbyggnaderna redan då ha legat nere vid Mälaren, men troligen var de då uppförda i trä.
Utgrävningar 1991-92 tyder på att en försvarsborg varit anlagd på en kulle nere vid nattnet. Enligt en framförd teori skulle nunnorna ha avvisats från den ursprungliga uppehållsplatsen då borgen skulle uppföras. Detta kan förklara varför de flyttade till Fogdö kyrka. Då borgen av någon anledning revs drygt 50 år senare tilläts nunnorna uppföra nya, större och bättre planerade klosterbyggnader enligt de principer som gällde för cistercienserorden. Nunnorna verkade alltså nu inom denna orden och blir ett dotterkloster till Julita.
Vid reformationen stängdes klostret, nunnorna skingrades och byggnaderna raserades. Efter ca 400 år skedde en uppröjning av klosterområdet. De ursprungliga byggnadsresterna ingår nu i de murar som nyuppförts på grundstenarna från 1200-talet. Två i tegel valvslagna rum ligger nu under jord och kan nås genom en port.
Klostret är mycket naturskönt beläget på Fogdön vid Strängnäsfjärden, 3 km öster om Fogdö kyrka. Nedanför klostret finns en badplats och runt omkring finns även goda möjligheter för picknick. Ca 500 m norrut efter stranden ligger resterna av ett gammalt, tegelbruk, nedlagt i mitten av 1700-talet. Sannolikt tillverkades tegel där för uppförandet av klostret.
På försommaren varje år håller Strängnäs stift, i samarbete med Vårfruberga-Härads församling, en vallfartsmässa vid klostret.
Föreningen Vårfruberga kloster, som bildades 1958, verkar för att återuppväcka intresset för klosterlämningarna och för att initiera forskning kring klostret och dess forna verksamhet. På deras hemsida finns mer information.