På 1960-talet fanns ett stort behov av en kyrka ovanför viadukten och kyrkorådet i Värnamo församling ansökte om tomtmark hos kommunen. Detta beviljades och en plan för byggandet påbörjades. Planfrågorna tog så lång tid att det hann uppstå ett ännu mer akut behov av kyrka i Värnamos östra delar. Därför byggdes Mariakyrkan före S:t Johannes kyrka.
Platsen för S:t Johannes kyrka valdes med tanke på att mycket människor rörde sig i det området. Arkitekten Lennart Arvidsson från Västervik valdes ut att rita kyrkan samt svara för inredning och färgsättning. Huvudentreprenör för kyrkbygget var Byggnadsfirman Bertil Svensson AB Värnamo. Och slutligen invigdes kyrkan av Biskop Sven Lindegård 1984, drygt 20 år efter att tomtmarken blivit beviljad.
I S:t Johannes kyrka kan framför allt framhållas:
• Korfönstret som framställts av konstnären Eric Elwén från Gamleby. Konstverket är utfört i Frankrike. Det består av huggna glasbitar, som sammanfogats med epoxymassa. När korfönstret belyses, bryts ljuset i glasbitarna och konstverket framträder otroligt vackert. Korfönstret är en gåva från syföreningen.
• Klockstapeln med kyrkklockan som är stämd i C-dur och väger 300 kg.
•Orgeln som är byggd av Robert Gustavssons Orgelbyggeri i Härnösand och har 10 stämmor.
• Hörnstenen som är inmurad i kyrksalens vägg och kommer från Nydala kloster. Stenen är en symbol för kyrkans/kristenhetens närvaro i trakten alltsedan 1100-talet.
• Altaret, dopfunten, ambon och bänkarna som är tillverkade av kyrkvärden Gustav Ragnar i Tenhult.
Texten baseras på foldern om S:t Johannes kyrka i Värnamo som togs fram i samband med S:t Johannes kyrkas 25-årsjubileum 2009. Den finns både i S:t Johannes kyrka och i Värnamo församlingshem.