Kyrkan kvar två medeltida kalkar från 1400-talet, ett ciborium, ett rökelsekar från 1300-talet och en medeltida patén med majuskelinskrift. Kyrkan äger också en röd och en grön mässhake av sammet från 1400-talet.
Kalkmålningarna i Lena kyrka har farit illa. De överkalkades på 1700-talet, togs fram igen 1904 i samband med en restaurering, varvid konstnären Albert Eldh fyllde i det som var skadat och kompletterade med nya målningar efter eget huvud. Det är därför svårt att bedöma hur målningarna ursprungligen sett ut. Man kan i alla fall fastställa att konstnären tillhört den s.k. Tierpsskolan.
Altarskåpet (se bild intill) är tillverkat 1491 av Lars Germundsson från Enköping. Altarskåpets centralmotiv är Anna själv tredje, en gestaltning av jungfru Marias moder Anna, där hon återges med Maria och Jesusbarnet i en gemensam bild. Anna själv tredje är omgiven av musikaliska änglar och flankerad av helgon på altarskåpets dörrar.