Den första orgeln från slutet på 1500-talet användes fram till 1691 när Hans Henrich Cahman fick i uppgift att bygga en ny större orgel med 27 stämmor som användes ändå till 1741 då domkyrkan brann och orgeln förstördes. Därefter byggdes en orgel med 33 stämmor under 1770-talet av Lars Wahlberg och Olof Schwan. Den orgeln fick ett förgylld, gustaviansk fasad som än idag finns kvar i domkyrkan. Själva orgelverket blev kvar ändå till 1885 då kyrkan renoverades och fick ett romantiskt orgelverk med 31 stämmor tillverkad av Åkerman och Lund. År 1940 var det återigen dags för ett nytt orgelverk, den här gången med 50 stämmor, byggd av Marcussen och Son. Vid millennieskiftet byggdes en ny orgel som en kopia av den orgel som Lars Wahlberg och Olof Schwan byggde på 1700-talet dvs ursprungsorgeln till fasaden. Idag finns tre orglar i Växjö domkyrka. En stor läktarorgel ovanför ingången och två kororglar, ett i respektive sidoskepp.
Läktarorgeln
Den nuvarande läktarorgeln har alltså en fasad från 1700-talet. Fasaden har kvar sin ursprungliga förgyllning och har under 1900-talet återställts i sin originalfärg. Fasadpiporna är också de ursprungliga och har återställts till kammarton (en halvton lägre än normalstämning). I övrigt är orgeln ombyggd efter sin 1700-tals föregångare med 33 stämmor. Orgeln invigdes 2002 och byggdes som ett samarbete mellan de tre orgelbyggerierna Grönlunds orgelbyggeri AB, Ålems orgelverkstad AB samt Bergenbladh och Jonsson.
Kororgeln i söder
Kororgeln i söder invigdes 2001. Den har 19 stämmor varav 15 ursprungligen kommer från Åkerman och Lund-orgeln från 1885 och som däremellan, i visst omarbetat skick, även har suttit i Marcussen och Son-orgeln från 1940. Stämmorna återställdes till sin ursprungliga romantiska 1885- årskaraktär när de blev en del av kororgeln. Orgeln byggdes av Ålem orgelverkstad i samarbete med Bergenbladh och Jonsson.
Kororgeln i norr
Kororgeln i norr byggdes 1984 av Västbo Orgelbyggeri och Ingvar Johansson och Co. Den har 24 stämmor samt cymbelstjärna med 6 bronsklockor. För dispositionen svarade dåvarande domkyrkoorganist Knut Sitell.
