Det finns tre nivåer i organisationen: lokal, regional och nationell nivå. Varje nivå styrs av ett folkvalt organ. På nationell nivå är det kyrkomötet, på regional nivå är det stiftsfullmäktige och på lokal nivå är det kyrkofullmäktige. Kyrkomötet utser i sin tur en styrelse, kyrkostyrelsen, stiftsfullmäktige utser en stiftsstyrelse och kyrkofullmäktige utser ett kyrkoråd. På lokal nivå finns både församlingar som är ett eget pastorat och pastorat som består av två eller flera församlingar. Vimmerby är ett pastorat med sex församlingar och var och en av dessa styrs av ett församlingsråd.
Kyrkorådet har ansvar för ekonomi, personal, fastigheter och kyrkogårdsärenden.